使用bwa 批量比对整个文件夹的fasta文件
2021-04-25 本文已影响0人
花生学生信
1、准备fasta文件，这里使用的是13份野生稻
下载链接http://db.ncgr.ac.cn/RicePanGenome/
2 、准备日本晴基因组文件
3、bwa 生成索引文件
bwa index /public/home/fengting/database/rice/ribenqing/IRGSP1.0_genome.fasta
4、生成sam文件：
for i in $(ls /public/home/fengting/task/4.25/raw_wide);
do bwa mem -t 10 /public/home/fengting/database/rice/ribenqing/IRGSP-1.0_genome.fasta /public/home/fengting/task/4.25/raw_wide/$i > /public/home/fengting/task/4.25/raw_bam/$i.sam；
done
