WES2Neoantigen Pipeline
Part 7 pVACSeq
pVACtools
pVACtool是一个癌症免疫治疗工具套件，由四个工具组成，分别是pVACseq、pVACfuse、pVACvector和pVACviz。
pVACseq是一个癌症免疫疗法流程，用于从肿瘤突变中识别并优化候选的肿瘤抗原。
pVACfuse是一个用于识别通过基因融合而产生的肿瘤抗原的工具。
pVACvector是一个专门用于帮助构建基于DNA的癌症疫苗的工具。
pVACviz是一个基于浏览器的用户界面，帮助用户启动、管理、检查和可视化pVACtools过程的结果的工具。
这里只介绍pVACseq。
简介
pvacseq是一种癌症免疫治疗流程，通过整合了肿瘤突变和表达数据（DNA-seq和RNA-seq）的癌症测序识别个体化的变异抗原。它使得癌症免疫研究通过大量的平行序列数据来预测可以引发抗肿瘤T细胞免疫的肿瘤特异性突变肽，即肿瘤抗原抗原。它被用于检查点治疗反应的研究，并被用于确定个性化癌症疫苗和adoptive T cell疗法的靶点。pVACtools
主要参数
input_file
VEP工具注释后的单个或多个VCF文件，该文件必须包含genotype, transcript, Wildtype protein sequence, and Downstream protein sequence 信息。
sample_name
VCF文件处理过程中用到的肿瘤bam文件的文件名，处理多样本生成的VCF文件时，样本名必须包含在VCF文件#CHROM这一行。
Allele
VCF文件对应的患者的HLA等位基因信息，例HLA-A*02:01。多等位输入需用逗号分隔。
{MHCflurry,MHCnuggetsI,MHCnuggetsII,NNalign,NetMHC,NetMHCIIpan,NetMHCcons,NetMHCpan,PickPocket,SMM,SMMPMBEC,SMMalign}
表位预测算法选择，多选时用空格分隔，这里需要注意的是，组里安装的不是最新版，有些算法不支持。
output_dir
输出结果存放目录
-e / --epitope-length
想要预测的表位的长度通常的长度为8，9，10，11，多选时用逗号分隔输入。
--iedb-install-directory
指定本地安装的IEDB目录，不指定将需要联网获取信息且不能大量运算。
--pass-only
过滤掉VCF文件中包含有PASS值的条目。
用法
pvacseq run [-h] [-e EPITOPE_LENGTH]
[--iedb-install-directory IEDB_INSTALL_DIRECTORY]
[-b BINDING_THRESHOLD]
[--allele-specific-binding-thresholds] [-m {lowest,median}]
[-r IEDB_RETRIES] [-k] [-t N_THREADS]
[-l PEPTIDE_SEQUENCE_LENGTH]
[--normal-sample-name NORMAL_SAMPLE_NAME]
[--net-chop-method {cterm,20s}] [--netmhc-stab]
[--net-chop-threshold NET_CHOP_THRESHOLD]
[-a {sample_name}] [-s FASTA_SIZE]
[-d DOWNSTREAM_SEQUENCE_LENGTH] [--exclude-NAs]
[-i ADDITIONAL_INPUT_FILE_LIST]
[-p PHASED_PROXIMAL_VARIANTS_VCF] [-c MINIMUM_FOLD_CHANGE]
[--normal-cov NORMAL_COV] [--tdna-cov TDNA_COV]
[--trna-cov TRNA_COV] [--normal-vaf NORMAL_VAF]
[--tdna-vaf TDNA_VAF] [--trna-vaf TRNA_VAF]
[--expn-val EXPN_VAL]
[--maximum-transcript-support-level {1,2,3,4,5}]
[--pass-only]
input_file sample_name allele
{MHCflurry,MHCnuggetsI,MHCnuggetsII,NNalign,NetMHC,NetMHCIIpan,NetMHCcons,NetMHCpan,PickPocket,SMM,SMMPMBEC,SMMalign}
[{MHCflurry,MHCnuggetsI,MHCnuggetsII,NNalign,NetMHC,NetMHCIIpan,NetMHCcons,NetMHCpan,PickPocket,SMM,SMMPMBEC,SMMalign} ...]
output_dir
pvacseq run -e 8,9,10,11 --iedb-install-directory /pub6/temp/pb/Software/IEDB --normal-sample-name SRR5357710 --pass-only /IJob/J33/Data/SRP102119_BC_12P22M34NSamples_WES/WESSRA/WESFastq/_AfterFASTQC_/_AfterAlign_/BAMFile/inputpreprocess/addexpression/SMC_OS_42_AddExp.vcf SRR5357744 HLA-A*02:01,HLA-B*35:01,DRB1*11:01 NNalign NetMHC NetMHCIIpan NetMHCcons NetMHCpan PickPocket SMM SMMPMBEC SMMalign /IJob/J33/Data/SRP102119_BC_12P22M34NSamples_WES/WESSRA/WESFastq/_AfterFASTQC_/_AfterAlign_/BAMFile/pvacseq_output
