转录因子纯生信分析套路 新鲜转录因子数据库出炉啦

转录因子(TFs)作为关键的调节因子，在生物过程中发挥着重要的作用。识别TFs靶向调控关系是揭示TFs功能及其对基因表达调控的关键步骤，因此今天小编就要向大家介绍一篇今年八月发表在Genomics Proteomics Bioinformatics（IF: 7.051）杂志上的关于人类转录因子调控及其靶点的数据库：hTFtarget。

hTFtarget:一个全面的人类转录因子调控及其靶点数据库

一．hTFtarget概述

hTFtarget数据库整合了大规模的人类TF靶资源及表观修饰信息来预测精确的TF-靶向调控关系，小编首先奉上该数据库的链接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget.，其首页如图1所示。

图1 hTFtarget首页

二．hTFtarget数据资源及功能有 分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号

在这一部分，小编先为大家介绍下hTFtarget数据库的数据资源及主要功能。hTFtarget在实验条件下为659个TFs存储了320万条TF-靶向关系，并从其他数据库中整合了699个TFs的2737个高置信度motifs，预测了350万条候选TF-靶向关系记录。hTFtarget为用户提供了以下功能来探索TF-靶向关系：

1）跨数据集浏览或搜索查询TF的一般靶点；

2）浏览特定数据集或组织中的TF-靶向关系；

3）寻找一个给定的基因或非编码RNA的潜在TFs；

4）研究细胞系中TFs的相关性；

5）探索特定靶基因或TFs的潜在协同调控；

6）预测给定DNA序列上的候选TF结合位点；

7）在基因组浏览器中为不同的TFs和条件可视化ChIP-seq峰值。

hTFtarget中的所有数据资源和功能如图2所示。

图2 hTFtarget数据资源及功能模块概述

三．hTFtarget的使用

接下来让我们一起来看下hTFtarget要如何使用吧。首先，hTFtarget在每个页面的右上方提供了一个“快速搜索”功能，方便用户查询TF-靶向关系，其可以接受各种类型的输入，如Ensembl基因ID、基因 symbol等。用户可以查询TF或基因的基本信息、TF -靶基因的相关调控、靶基因启动子区表观遗传修饰情况，以及不同条件下TF -靶基因调控的详细内容。例如，在快速搜索中输入ASCL2基因时(图3)，ASCL2作为TF基因或靶基因的所有记录如图3A所示。可以看到当查询基因ASCL2是一个TF基因时，图3A中的红框下面的详细信息图标链接到一个页面，该页面显示具有三个层次证据的靶点(图3B)。此外，用户还可以通过支持水平(“表观遗传学证据”、“ChIP-seq证据”、“Motifs证据”)过滤靶点基因，并通过“view”图标浏览峰值信息(图3C)。另一方面，当查询的基因ASCL2是靶基因时，TFs一词下面的详细标签(图3A中的蓝框)显示了TFs能够调控靶基因ASCL2的所有记录(图3D)。用户也可以通过单击Details图标浏览TF靶点调控的峰值信息(图3E)。

图3 hTFtarget中快速搜索流程

TF模块提供了TF靶点关系和ChIP-seq实验设计的细节(图4A，B)。用户可以浏览通用的(图4A)或特定条件的TF靶点关系(图4B)，还可以浏览TF注释(图4A底部)和感兴趣的数据集的实验设计(图4B底部)。通过图4A中的details图标，用户可以在genome browser中浏览到TF靶标调控的详细信息(图4C)，包括靶标基因上游区域的表观遗传状态和可视化的峰信息(图4D)。此外，除了在线搜寻hTFtarget的TF-靶点调控之外，用户还可以下载这些记录。

图4 hTFtarget中TF和靶点相关模块分析有分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号

到这里这个数据库的主要内容及功能就介绍完了。转录调控是一般基因表达和条件特异基因表达的一个基本而重要的过程，而转录因子(TFs)是参与转录调控的关键调控因子。因此，很多研究都会加入关于转录因子的分析，所以如果有小伙伴要研究转录因子与靶基因调控关系时不要忘记这个数据库呦。