生信入门(软件/技巧)概览

2019-08-27 本文已影响0人栽生物坑里的信息汪

序言

仔细思考一下自己近几年来所使用过的软件，真的感受到了某些软件对处理数据的效率提升，是十分显著的。然后每每跟别人安利这个那个软件总是很费口舌，然后大多数时候别人也不可能听一遍就会了，所以说还是通过一篇文章来总结一下，可以节省超级多时间的一个入门软件的概览好了~~

软件/技巧目录

tmux 永远不断线的terminal
htop 丰富的监控软件
jupyter lab 强大的交互python终端
snipaste 便签纸体验的截图工具
ranger 终端界面的文件浏览器
zsh 高效、流畅的终端

tmux

如果是一个拥有服务器的生信人员的话，那么使用远程的服务器肯定是日常的一环，毕竟现在流行的轻便的工作站、笔记本，然后把大部分的钱花在一台比较好的服务器上，因为基因组数据的日益增大，服务器的储存空间也可以远远超过个人的笔记本。
所以这里介绍一个软件tmux，tmux是一个分屏工具，但是对我来说，其最重要的作用是

保持连接

由于tmux属于一个在终端/服务器层面上的图形界面软件，所以即使你因为网络波动、停电、win10更新、改变工作地点等等的原因导致你连接的服务器的终端被关闭，也不用担心自己的terminal会被关闭。

可以用一句话来说，在tmux下打开的每一个终端都相当于运行在了后台，你能看到的它的原因。仅仅是因为tmux捕获了这个运行在了后台的程序，并通过它，把你的输入传递给它，把它的输出可视化到了挡墙屏幕上。

tmux真实例子

htop

在使用服务器时，我们都会被告知存在一个叫top的工具，可以观察当前服务器运行的任务以及当前服务器的状态，但是top的界面真的就十分的简单和粗糙。像极了上个世纪DOS界面的产物。

后来我发现了htop，作为top的升级版，一来继承了top的特点，又添加了很多语法高亮以及丰富的功能。所以也成为了进行监控服务时候的首选吧。
甚至可以看到别人所输入的命令，从而可以借鉴别人的代码或者直观的看到别人所使用的线程数。

htop 例子

jupyter lab

由于我绝大部分时间使用的语言都是python，所以一个好的python交互界面绝对可以大大节省我的时间。例如可以保存之前的输出结果。可以自动补全历史命令。可以内嵌绘图结果。可以自动补全module、命令等。

而jupyterlab作为一个Notebook的升级版，一方面内嵌了notebook的所有功能，另外一方面也增加了诸如文件管理器、终端以及众多的插件支持的部分。所以使用这个东西也成为了我的日常，一旦涉及到了需要进行交互式绘图的环节，使用notebook也成为必备的过程。

如何使用在远程服务器上使用jupyterlab？
在远程的服务器上工作最痛苦的一点就是交互。所以每一个便捷高效的软件都在竭尽全力的使得用户更加高效、流畅的毫无障碍的在远程和本地使用该软件。
jupyterLab就做得很好，因为它本身就是基于网页的，所以对此没有什么问题。
主要的过程就是通过ssh远程访问服务器上打开的jupyterLab
ssh -N -f -L localhost:8888:localhost:8889 remote_user@remote_host
需要注意的是，这里的localhost:8888与localhost:8889的差异，千万不要死记硬背，而是通过理解去记忆它才能在之后灵活的使用不同的参数。
前者指的是本地的8888端口，而后者指的是，当你登录到remote_user@remote_host时，所使用的的端口8889，所以一旦你需要进行多次跳转时，就一定要牢记这一点。