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conda--“linux的应用商店”

• conda的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。

conda和minconda关系（摘自生信星球）

下载conda-我们用它的精华版--miniconda

• 百度搜索“miniconda”（英文网站）→ 查看自己服务器是多少位的 → 安装python3.7对应的版本 → 右键--复制下载链接

  
  下载miniconda

安装和配置miniconda

存放软件目录
cd biosoft
安装
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（sh是脚本）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda
source ~/.bashrc
下面添加国内镜像，一行一行运行

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

• 注：Linux的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件

1. 查看当前所有软件列表
   conda list
2. 搜索软件
   conda search fastqc
3. 安装软件
   conda install fastqc -y（默认最新版）
   conda install fastqc=0.11.7 -y （指定版本号）
4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

• 注：加上-y是自动安装

定制conda的某一项目环境

• 按照不同的项目，定制不同的操作环境“conda environment”，安装不同的软件，互不干扰。

1. 先查看当前conda有哪些环境
   conda info --envs (前面带*的就是默认的)

2. 如处理转录组数据，建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指 定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个一步完成）
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
   再次查看一下我们的conda环境
   conda info --envs
   （默认还是base）

3. 激活新的conda环境了
   source activate rna-seq
   （这时默认的*就会转移到rna-seq前面，在用户名root前面出现了 (rna-seq) ）

4. 卸载一个环境中的软件

• 卸载某个软件
  conda remove -n rna-seq fastqc -y
• 全部卸载，也就是卸载这个环境
  conda remove -n rna-seq --all
• 注：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，不要把自己删除

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参考和引用：生信星球训练营教程