生物信息学Perl

perl oneline的参数解释

2019-07-05  本文已影响15人  Amy_Cui

参数

# 直接看图片,更好理解
-a 自动分隔模式,用空格分隔$并保存在@F中,也就是@F=split //, $
-F 指定-a的分隔符
-l 对输入的内容进行自动chomp,对输出的内容自动加换行符
-n 相当于while(<>)
-e 执行命令,也就是脚本
-p 自动循环+输出,也就是while(<>){命令(脚本); print;}
image.png

示例解释

1、基本格式:perl -参数 ‘命令' 输入文件
2、perl -e为必须要写的参数
3、perl -pe可用于读取文件每行,并按照给定的命令进行处理,最后输出;如将文件1.txt中的aaa替换为AAA:perl -pe 's/aaa/AAA/g' 1.txt

4、perl -l参数几乎可以跟n搭配代替perl经常用的while(<>){chomp;}语法

5、如果需要处理tab/空分割的文件的每一行内容,那么perl -alne参数几乎可以说是必备的,例如while(<>){chomp;@F=split /\s+/,$_;print "$F[0]\n"}相当于:perl -alne 'print $F[0]'
6、perl单行命令脚本里的变量都不需要预先声明,如想打印出每空行,并且每行以行数开头:perl -``ne 'print ++$a." $_" if /./'
7、perl单行命令有时优于sed/grep等shell命令是由于其优秀的正则匹配,通常简单的匹配可以如:匹配上的行号,模仿grep -c的功能:perl -lne '$a++ if /regex/; END {print $a+0}'
8、perl单行命令可以使用perl的模块,如使用sum函数的模块:perl -MList::Util=``sum -alne 'print sum @F'

9、perl也可以像awk一样使用END命令,如打印出文件中总单词个数
perl -alne '$t += @F; END { print $t}'
10、perl也可以使用map{}等函数,如打印出匹配上的单词的总个数:perl -alne 'map { /regex/ && $t++ } @F; END { print $t }'
11、perl单行命令可以说是将perl的简洁用到了极致,如打印出匹配上的行:perl -``ne '/regex/ && print'
12、perl单行命令能像perl一样灵活的使用则正表达式:perl -``ne 'print if /^\d+$/'

使用perl来处理数据的我们,会一点Perl one line可以有效的减少编写重复命令的时间,尤其是那些就用1-2次就不会用的脚本,尤其在window系统下不方便使用shell命令的时候。

PS.当然在windows系统下也可以借用git模拟Unix命令环境~~~~

学习链接

https://www.jb51.net/article/123326.htm

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