临床数据常用列（TCGA胃癌数据为例）

探索一下TCGA数据列的含义（TCGA胃癌数据为例）
前面是探索内容，后边是我个人认为可能会用到的列（第一次尝试！）欢迎大家指正！！！

• 说明一下：TCGA_STAD_pheno 是我命名的TCGA胃癌临床数据，
  $用来提取对应列（也可以用[]提取），table函数可以查看该列都有哪些内容并统计出现的次数。

探索部分

table(TCGA_STAD_pheno$neoplasm_histologic_grade) #肿瘤组织学分级

 G1  G2  G3  GX 
  8 139 219   7 
table(TCGA_STAD_pheno$new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site) #新发肿瘤的解剖部位

                                                                Liver 
                               340                                 12 
                              Lung Non-regional / Distant Lymph Nodes 
                                 4                                  2 
                    Other, specify                Peritoneal Surfaces 
                                13                                  2 
table(TCGA_STAD_pheno$person_neoplasm_cancer_status) #个人肿瘤在特定时间点的状态或状况  

           TUMOR FREE WITH TUMOR 
       139        163         71 
table(TCGA_STAD_pheno$anatomic_neoplasm_subdivision_other)  #肿瘤解剖定位
table(TCGA_STAD_pheno$antireflux_treatment)  #抗反流治疗，我觉得用不上这个数据（不是这个专业奥）
table(TCGA_STAD_pheno$barretts_esophagus)  #是否为巴雷特食管病，可以根据这个分析哦
table(TCGA_STAD_pheno$bcr)  #医院

汇总

submitter_id.samples, #样本ID
         age_at_initial_pathologic_diagnosis, #患者病理诊断年龄（年龄） 连续数值型变量
         anatomic_neoplasm_subdivision_other,   #分类变量
         family_history_of_stomach_cancer, #胃病家族史  逻辑型二分类
         history_of_neoadjuvant_treatment, #新辅助治疗史
         neoplasm_histologic_grade, #肿瘤组织学分级
         new_neoplasm_event_occurrence_anatomic_site, #肿瘤复发部位
         new_neoplasm_occurrence_anatomic_site_text,
         new_tumor_event_after_initial_treatment,
         pathologic_M,
         pathologic_N,pathologic_T, #病理分期 TNM
         patient_death_reason, #患者死因
         person_neoplasm_cancer_status, #人肿瘤癌症状态
         tissue_source_site, #组织来源部位
         gender.demographic, #性别
         disease_type, #疾病类型
         alcohol_history.exposures #是否吸烟