2018-10-11 使用plink1.9 和plink2 把

上次我是把bed bim fam 转成 vcf ，这次反过来，我已有的vcf 文件，要转成 bed bim fam.

上网查了查，发现plink1.9 和 plink2.0 都可以做,但也有可能我做的是不对的。。

先去官网下载安装好plink1.9 和 plink2.0， 可以参考这个https://www.jianshu.com/p/295fce0e82ce
准备好文件

一个vcf文件

先看plink1.9

plink --vcf Arab.vcf --allow-extra-chr --maf 0.05 --recode --out Arab

生成 map 和 ped

map 和 bed

接着下一步

plink --file Arab --maf 0.05 --allow-extra-chr --make-bed --out Arab

生成了 bed bim fam

OK

在来学习plink2
首先准备好一个文件

就是刚刚那个，我改了个名字

然后一个命令就可以

plink2 --vcf test.vcf --allow-extra-chr --make-bed --out test

OK，然后就生成了bed bim fam

可以接着分析了