STEP 1

自己手动在项目的/app/src/main/res/layout下新建子目录，并在每个子目录下都要新建一个layout目录，否则无法识别layout文件。结构如下图：

layout文件结构.png

STEP 2

在模块下的build.gradle文件里面添加下面代码：

android {
        compileSdkVersion 25
        buildToolsVersion "25.0.3"
        defaultConfig {
            ...
        }
        buildTypes {
            ...
        }

        // layout分目录
        sourceSets {

            main {
                res.srcDirs = [
                        'src/main/res/layout/activity-layout',
                        'src/main/res/layout/fragment-layout',
                        'src/main/res' // 必须要有这一行，否则找不到res目录
                ]
            }
        }
    }

然后同步一下项目，就可以了。

在android模式下可以看到layout子目录下的布局文件，则表示成功了，如果需要查看树结构的话，则需要切换到project模式。

ps. res目录下的其他文件夹也可以按照这个思路实现分文件夹管理的。