GSEA图，你为什么不给我换行

感谢大家昨天一起召唤了豆豆，但是很不幸，召唤失败了。唉，睡得和考拉一样。我今天又开始了新一轮的线上课程，已经在家讲第四场了。💪听说，澳门很快就会放开通关限制，豆豆就可以回学校了吧 ~他只上了10天班就放年假了，到现在也没回去...

gsea富集分析的图，做出来是这样的：

会发现，右边的名称很难看，我想到两个办法：一个是把共同的前缀HALLMARK_去掉。一个是换行。第一个还是很好实现的：

rm(list = ls())
load("step4output.Rdata")
options(stringsAsFactors = F)
library(GSEABase) 
library(clusterProfiler)
library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(ggplot2)
library(stringr)
# 准备输入数据，差异基因和gmt文件
data(geneList)
geneList = deg$logFC
names(geneList) = deg$ENTREZID
geneList = sort(geneList,decreasing = T)
geneset <- read.gmt("h.all.v7.1.entrez.gmt")  

方法1：去前缀

在数据中去除可以：

geneset$ont = str_remove(geneset$ont,"HALLMARK_")
# gsea
egmt <- GSEA(geneList, TERM2GENE=geneset,verbose=F)
egmt2<- setReadable(egmt,OrgDb=org.Hs.eg.db, keyType = "ENTREZID")

dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)

或者在画图时去除也行：

dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)+
 scale_y_discrete(labels=function(x) str_remove(x,"HALLMARK_"))

方法2：换行

这是y叔写过的方法~理论上应该是可以的：

geneset <- read.gmt("h.all.v7.1.entrez.gmt")  

egmt <- GSEA(geneList, TERM2GENE=geneset,verbose=F)
egmt2<- setReadable(egmt,OrgDb=org.Hs.eg.db, keyType = "ENTREZID")

dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)
dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)+
scale_y_discrete(labels=function(x) str_wrap(x, width=30))

dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)+
scale_y_discrete(labels=function(x) str_wrap(x, width=30))

实际上纹丝不动！出来的图和原来一样

str_wrap就是换行函数嘛，看起来也没什么不同，但是不论怎样替换数字都换不了，我和豆豆就开始研究，为什么kegg和go的通路能实现换行，换成这个就不行？
排查了很多刻意点，比如GSEAresult和GOresult数据结构的差别？大小写的差别？
最后的最后，发现了问题，str_wrap换行是要考虑空格的，作者设计时考虑的是单词句子换行，不会切断一个单词啊！
而gmt文件里的基因集名字，都是下划线_连接的，被当做一个单词来处理，所以你怎么写他都不会换行！！！怎么办呢？把下划线替换为空格即可！

dotplot(egmt2,split=".sign")+facet_grid(~.sign)+
 scale_y_discrete(labels=function(x) str_wrap(str_replace_all(x,"_"," "), width=30))

虽然换的有点丑，但毕竟是换了，找到原因了（鸣谢豆豆）~当时做换行时心情是很差的，想不出来，为什么就不行。。。这时热心豆豆探过头来跟我一起探讨，最终找到了原因。