Linux / Terminal 常用指令总结

说到生信分析第一个坑就是CUI(character user interface)。很多学生物的小盆友平时可能都不接触代码这种东西，一开始就被码农界面给吓退了。然后就去知乎啊百度找如何入门Linux，找来一大堆学习资料和书籍以后却又不知道如何下手。其实，我们既不用去开发什么软件也不想做破解密码的黑客，根本不需要专门浪费大量时间去学习Linux。我们的目的很简单，能通过CUI界面去操作生信分析需要用到的软件工具，另外有一点构建/使用服务器的知识就好。在此，我花了点时间整理了一下生信分析中Linux/Terminal常用的指令。

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A. 基础常用代码
B. 服务器间文件传输

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1.代码输入练习

• top指令
  top
  

  Fig.1 top
  这个就像windows里的资源管理器，可以看到现在电脑的使用情况，CPU，内存等等信息。想结束这个top程序只需要按q或者Ctrl+c

• pwd指令
  查看当前所在的文件夹。

(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % pwd

就出现了当前的路径，如下

/Users/jason/Desktop/statistical_genetics

附赠一下其他几个常用指令
-- cd: 更改文件夹/根目录
-- ls: 查看当前文件夹的文件目录

Fig.2 pwd&cd&ls

其实也没什么难的对吧。

2.输入指令选项

有些指令，哦不，是大多数指令，都会有自带的选项，也就是option。举个例子，刚才用到的ls，如果输入的是ls -la的话就会出现略有不同的结果。仔细观察一下，ls -la和ls比起来，多了各个文件的详细信息。

Fig.3 ls -la

3.创建文件

ls查看当前文件夹下文件目录

(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % ls
example.txt       statisticalgenetics2  statisticalgenetics4  statisticalgenetics6
statisticalgenetics1  statisticalgenetics3  statisticalgenetics5  statisticalgenetics7

cp复制文件

(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % cp example.txt example2.txt
(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % ls
example.txt   statisticalgenetics1  statisticalgenetics3  statisticalgenetics5  statisticalgenetics7
example2.txt  statisticalgenetics2  statisticalgenetics4  statisticalgenetics6

mv移动文件

4. 压缩文件/解压缩

gzip : 压缩文件
gunzip: 解压缩文件。

5. 查看文件内容

cat: 查看文件内容

(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % cat example.txt    
ATGC
(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % cat example.txt example2.txt 
ATGC
ATGC

zcat: 查看压缩内容

6.下载文件

wget:支持断点下载
比方说从阪大医学遗传研究所主页上爬个图片下来。

(base) jason@x86_64-apple-darwin13 statistical_genetics % wget http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/images/header.png
--2020-11-11 00:43:14--  http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/images/header.png
www.sg.med.osaka-u.ac.jp (www.sg.med.osaka-u.ac.jp) をDNSに問いあわせています... 2001:260:306:c::8501:8aab, 133.1.138.171
www.sg.med.osaka-u.ac.jp (www.sg.med.osaka-u.ac.jp)|2001:260:306:c::8501:8aab|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 307671 (300K) [image/png]
`header.png' に保存中

header.png                  100%[========================================>] 300.46K  1.15MB/s 時間 0.3s     

fig.4

7. 从服务器下载文件

scp /home/work/source.txt work@192.168.0.10:/home/work/   #把本地的source.txt文件拷贝到192.168.0.10机器上的/home/work目录下
scp work@192.168.0.10:/home/work/source.txt /home/work/   #把192.168.0.10机器上的source.txt文件拷贝到本地的/home/work目录下
scp work@192.168.0.10:/home/work/source.txt work@192.168.0.11:/home/work/   #把192.168.0.10机器上的source.txt文件拷贝到192.168.0.11机器的/home/work目录下
scp -r /home/work/sourcedir work@192.168.0.10:/home/work/   #拷贝文件夹，加-r参数