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• 图表

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#1. 热图

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上调基因和下调基因是针对处理组而言。
下调基因-处理组比对照组表达量低的基因

2.散点图和箱线图

散点图和箱线图

散点图——强调个体之间的关系
箱线图——强化组与组之间的关系

image.png 理解箱线图的离群值

箱线图越短说明数据越集中
越长说明数据越离散

箱线图和点图适用于差异基因少的情况下使用。

3.火山图

image.png FC和logFC
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logFC是以2为底数，

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logFC一般取1，1.2，1.5，1.75

4.主成分分析

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点点代表样本，
点和点的距离代表两个样本的差异大小
大的点代表分组在坐标系中的中心位置，不代表样本
坐标系中dim和括号中的数据没有意义，不代表啥

典型PCA

左上图：组间差别大于组内差别。（为什么？）
左下图：
右侧图：组间差别小于组内差别
生信技能树公众号上“一文看懂主成分分析”

还是有点懵~~~~~~~

• GEO背景知识+表达芯片分析思路

1.表达数据的实验设计

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2.数据库介绍

GEO
GEO组织层次 GSM/GSE/GPL image.png 基因表达芯片

探针是一组短的核苷酸序列，能与目的基因的一段序列杂交。

3.表达矩阵

表达矩阵的行名就是探针ID
列名是样本编号

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要做的工作时把探针ID转换为Gene Symbol
把GSM样本分组
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3.差异分析

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探针注释 自主注释 差异分析的可视化

差异分析的可视化就是火山图和热图

数据挖掘的本质就是缩小基因的范围~Jimmy
谁能从你邋遢的外表看到你美丽的内心呢？~花花
有本书叫《JYXPXXX》，经我坚定没啥用。
数量太少，你引用个毛线球？