2020-10-02sra数据下载
安装Aspera Connect工具下载sra数据 - 简书
主要参考上面两篇文章，但是发现从NCBI中下载还是各种报错。我特么上传时候各种给力，下载个数据各种404，以后数据都传国内的中科那个数据了。NCBI在国内下载个数据真坑。
其中第一篇帖子说从EPA中下载，尝试了下直接可以搞。
批量代码
ascp -QT -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list ~/transcriptome/data/id3.txt ~/transcriptome/data/test/
id3.txt
/vol1/fastq/SRR109/052/SRR10912052/SRR10912052_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/053/SRR10912053/SRR10912053_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/054/SRR10912054/SRR10912054_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/055/SRR10912055/SRR10912055_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/056/SRR10912056/SRR10912056_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/057/SRR10912057/SRR10912057_1.fastq.gz
/vol1/fastq/SRR109/058/SRR10912058/SRR10912058_1.fastq.gz
下载连接从
TSV 中整理
nohup prefetch --option-file ~/transcriptome/data/id.txt &
jobs -l
