ChIPseeker 饼图图层覆盖问题

参考：

「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——连接各类R图形
R神包export的使用

缘由;

最近使用ChIPseeker 对peak进行了注释，画一个注释结果分布图，结果发现画pie 图，右边legend 被覆盖了；但是画bar 图一切正常。以为直接将画布拉宽就行，但没有变化。。。

image.png

• code

library(ChIPseeker)
library(org.Hs.eg.db)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(clusterProfiler)
library(VennDiagram)
library(stringi)

txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
# devtools::install_github("tomwenseleers/export")
library(export)
library(ggplotify)




setwd("E:\\单细胞\\HZAU_scChIP\\测试CUT&Tag\\Fig5_peak注释结果")
##
peak <- readPeakFile("ENCFF465EGH.bed")
# covplot(peak, chr = c("chr1", "chr2"))
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")

## 基础pie
plotAnnoPie(peakAnno)
## 转换成ppt
graph2ppt(file="effect plot.pptx", width=7, height=5)
## 转换成ggplot 
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1

实践：

1.发现画bar 图一切正常，并且是一个ggplot2 对象，可以直接修改主题；pie 使用的pie 函数画的，基础绘图。https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/blob/master/R/plotAnno.R

• 首先我们画ggplot2 时候，画板面积太小，可能导致文字叠加问题，手动调整大小就可以；基础语法的pie 图，我们拉宽画布，查看效果，还是存在叠加想象

  
  image.png

image.png

• 怎么让它显示正常呢，可以拉宽画布，在运行一次饼图函数。plotAnnoPie(peakAnno)
  image.png

2.尝试用ggplotify 包解决问题

• 我对基础语法，理解不深刻。运行后出现报错

  
  image.png

• 如何需要转换成ggplot2 语法，可以这样操作

p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1+ theme_bw()

image.png

3.export 包使用

• 对于图例和饼图存在叠加情况，用基因语法画图，及时导出为ppt,还是无法显示被覆盖区间的内容。可能是ggplot 和 基础语法 画图差异。

• 但是导出ppt ,取消组合，日常修图可以胜任的。

  
  image.png

image.png

思考

• ggplotify 可以将base plot 转换成ggplot 对象。as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))，要加上~波浪号
• export 转换成ppt ，完成日常修图
• ChIPseeker里面plotAnnoPie 基础语法绘图；plotAnnoBar 使用ggplot 语法绘图

欢迎大家评论交流~😀