IGV基因组浏览器打开BAM文件查看reads比对情况

IGV基因组浏览器

输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；
以斑胸草雀为例：
-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
-基因组序列文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna
-转录本比对文件: myBAMfile.bam
文件内容一览：
samtools view myBAMfile.bam | less -S 查看BAM文件内容

bam文件内容

第一步提取BAM文件

如果要查看所有转录本的比对情况基本是不现实的（一般上百G），受限于电脑性能无法加载这么大的bam文件，所以查看reads的比对情况一般通过提取出map到基因组的其中一个Scaffold的所有reads的bam文件。
示例从BAM文件提取斑胸草雀转录本比对到Scaffold NC_007897.1 的所有reads

samtools sort -@ 24 -o myBAMfile.sort.bam myBAMfile.bam &&  #bam文件排序
samtools index -@ 24 myBAMfile.sort.bam && #对排序后的bam建立索引
samtools view myBAMfile.sort.bam NC_007897.1 -O BAM -o NC_007897.1.bam  && #提取比对到  NC_007897.1 Scaffold 的reads输出到NC_007897.1.bam
echo "FINISHED"

第二步用IGV浏览器浏览提取的reads的比对情况

打开IGV浏览器，首先载入基因组文件，点击Genomes选择加载本地基因组，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna文件

加载基因组

然后选择File点击Load from file选择加载本地gtf文件，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf

加载基因组注释文件
创建基因组索引
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加载BAM文件

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工作目录下的 *.bam.bai 文件就是创建好的bam索引，重新加载BAM文件
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定位到基因组Scaffold位置，即可浏览比对到该Scaffold的所有reads
reds颜色标识

根据reads名定位序列，reads窗格右键选择select by names... 输入序列名即可实现定位

reads定位