BEDOPS使用

BEDOPS是转化文件为bed文件的神器，安装方法见官网
我这边的HPC有点问题，得自己设置环境变量如下

ml bedops

module display bedops #check the file path
path=/usr/local/apps/bedops/2.4.37/bin
export PATH=$PATH:${path}

1、gtf2bed
Genecod 的GTF文件得改造一下
参考这个

cat gencode.v32.annotation.gtf  | grep transcript_id | grep gene_id | convert2bed --do-not-sort --input=gtf - > gencode.v32.annotation.bed
#或者使用gtf2bed

2、vcf2bed

ls *.vcf | while read i ;
do
vcf2bed <  ${i} >${bed_dir}/${i%.vcf*}.bed
done