用Gephi画网络图

之前给大家介绍过用cytoscape软件画网络图（https://www.jianshu.com/p/8aeb9c084c16）

今天个大家介绍一个更强大的画网络图的软件--Gephi！！！

1.下载Gephi

Gephi下载地址： https://gephi.org/users/download/ ，下载后安装即可。

提示：如果安装完后出现“cannot find java 1.6 or higer”，则需要下载安装jdk，安装jdk之后便可正常打开 Gephi。

jdk下载：https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk16-downloads.html 

2.Gephi界面

Gephi界面有3个主要模块，分别为概览（图1标注1）、数据资料（图1标注2）、预览模块（图1标注3），在工具栏的下方的3个小窗口，当前窗口为蓝色，可以自由切换。概览模块主要用来布局、调整点和边的外观、网络统计等；数据资料模块用来展示和调整网络的点与边信息；预览模块用来导出绘制好的效果图。

图1 Gephi界面--概览模块

2.1 概览模块

（1）布局（图1标注5）

可以选择下拉框中的 12 种布局方式，前六种是主要布局工具，后面六种是辅助布局工具。选择一种布局算法，点击运行即可看到布局效果。最常用的是力导向算法（Force Atlas 和 Forceatlas 2）、圆形布局和胡一凡布局。 

（2）图形区域（图1标注6）

可以滚动鼠标滑轮，对图像进行放大缩小，点击鼠标右键可以将图形进行拖动。 

（3）上下文（图1标注7）

网络中的点、边总数，在导入表格的对话框，也有相关统计。

（4）统计（图1标注7）

图的特征可在统计功能模块中计算得到，其模块如左图。单击左图中标记区域，可计算相应的图的特征数值，如要查看详细内容，可单击“问号”图标 产生相应的报告。

（5）外观（图1标注4）

调整节点和边的颜色、大小以及标签颜色。每一个条目下都有三种参数：统一不调整、自定义填充（点击颜色块进行颜色改变）以及渐变（点击颜色修改，点击三角符合调整渐变度），每一次修改都要点击“应用”确定。

图2 外观

2.2 数据资料模块

有点和边的属性信息，点击切换。可在当前界面对属性进行修改，也可以导出表格，去到Excel中编辑。

图3 数据资料模块

2.3 预览模块

预览是输出控制的环节，在预览界面可以对前面编辑的图形做最后的美化，包括图形外观样式的选择和显示细节的调整，之后便可导出图形。

图4 预览模块

3.实操---绘制微生物群落的共现网络图

1）在数据资料界面，分别导出点文件和边文件，进行编辑，如下

点文件：

图5 点文件列表

边文件：

图6 边文件列表

2）将编辑后的点文件和边文件重新导入Gephi文件，在预览界面，选择布局（一般选择Fruchterman Reingold），设置节点大小（以丰度Abundance或度Degree为指标）和颜色（以门Phylum或模块Modularity为指标），设置边的颜色（正负PN），并点击应用，在界面右侧的统计中点击运行；

图7 调整界面

3）在预览界面设置边的颜色（选择original）、粗细（调整Max. rescaled weight），显示标签等，更换参数需时时刷新，并导出图片。

图8 网络图成形

欢迎大家交流心得~~~3QU!!!...........

---------------------------------------------------------------------------------------------------------I am a line !----------------------------------------------------------------------------------------------