megax已经比较方便小白使用了，运行计算速度也很快，最重要的是可视化非常方便，但是对于大量的长片段的多序列对比，还是需要服务器来执行。
所以在服务器仍然用mega做对比，导出的文件直接可以用本地的megax软件进行可视化的查看与分析，非常方便。

下载megacc

Linux安装：Ubuntu系统选择Debian，下载最新版本

sudo dpkg -i megaccamd64.ded

基本命令

megacc   -a   setting.mao   -d    inputfile.fasta

setting.mao 需要用windows版本来设置
建议下载megax

.mao文件设置

将analyze模式更换为prototype模式

将analyze模式更换为prototype模式.png

根据需要的输入类别进行选择

image.png
选择需要的功能
这里以多序列对比为例进行，选择align-muscle DNA alignment（计算方法看自己需求，muscle速度较快）
image.png

默认参数 点击 save settings

参数
将得到的xxx.mao文件上传至服务器

将需要比对的序列和mao文件放在同一文件夹下

megacc -a clustal_align_nucleotide.mao -d 0919gi.fas -o ~/gi -f Fasta

-a mao就是设置文件，-d输入对比的序列文件，-o 输出文件的位置，-f 输出格式为Fasta格式
其他的设置可以参考 megacc -h

直接运行，运行完成后，将.fasta 下载到本地，可以直接用megax进行查看

对比后的结果图