DAVID在线功能富集介绍

我们通过GEO或者其他数据库筛选出了一批显著差异基因，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，我们下一步需要进行GO功能注释和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥叫GO功能注释呢？以及什么叫KEGG（pathway）通路富集分析，我们所做的GO和KEGG是为了从这批差异基因中得知他们参与的功能与通路。

先说说GO，GO(GENG ONTOLOGY)分别从功能、参与的生物途径、细胞中的定位，对基因产物进行了简单注释。所以通过GO富集分析可粗略的了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。

再说说KEGG，大多数听说KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）的人都会把它当做一个基因通路（pathway）的数据库，其实它的功能还不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。

DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析，对很多科研工作者来说，是个非常好的工具。

准备输入文件

需要一列类似的含有基因名数据

开始进入分析

选择functioal annotation选项

（1）粘贴基因（2）选择official—gene-symbol（3）选择genelist（4）提交list

提交完成后，界面会弹出上面所示的提示框 ，按确定即可。

按照如上流程进行，1 list1——2 Use——3选择物种“homo sapines（人类）”——4 点击Select Species

首先把所有默认选项都清空，只选择Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和CC、MP和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后点击 Functional Annotation chart，结果就出来了。

可以点击右上角的Download File 按钮，将结果进行复制保存。其中结果包括功能和通路两部分。

Kobas数据库

简介

KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System）是一个被广泛用于基因/蛋白质功能注释和功能集富集的网页版数据库。使用者在给定一组基因或蛋白质，该数据库可以确定某些通路和基因本体论（GO）是否有统计学显着性。

KOBAS 3.0的输入不支持gene symbol，所以使用者在使用前需将Symbol ID转换成Entrez Gene ID（或者）ensembl格式的ID。

推荐进行基因ID转换的网站：gprofiler ：http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi

使用者需要（1）上传或者粘贴含有基因列表的数据（2）选择物种为homo sapines（人类）（3）确定输出格式为ENSG（4）点击RUN（5）下载注释后的数据：Export to CSV。下载的注释后的数据如下所示：

KOBAS注释

使用者将转换后的ID输入http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php，根据研究对象类型，进行相应选择：选择KEGG Pathway与GO，点击Run；

将富集结果下载：

下载得到富集结果如下：

GO与KEGG富集分析，DAVID和KOBAS是比较简单同时受欢迎和认可的选择。

相比之下，KOBAS画出的图更赏心悦目，但KOBAS不支持直接输入gene symbol，所以我们常常联合DAVID和KOBAS联合使用。

作者：柳叶刀与小鼠标

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来源：简书

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