利用QTL-seq软件进行BSA定位分析
最近逛Github，发现一个新出的BSA自动化流程，就叫QTL-seq，看起来还蛮简单方便的，所以搞了一下试试。
BSA原理就不多说了，在实际操作中，高、低池子至少得两个，然后就是可以选择测还是不测亲本。这套流程是需要亲本测序数据的，还有一些流程是不需要的，例如DeepBSA、QTLseqr等，所以根据自己试验经费来定就好。个人觉得测一下亲本多不了几个钱，可以测了，还可以搞搞重测序分析嘛。
安装挺简单的，我就喜欢用conda，这个流程又支持conda，所以，上吧
conda install -c bioconda qtlseq
完事就安装完毕了，这个流程里面包含了BWA、samtools、BCFtools、Snpeff、Trimmomatic等软件，还有一些python依赖库用于绘图什么的，反正都可以用上面那个命令安装完。
使用命令很简单，就一行
qtlseq
usage: qtlseq -r <FASTA> -p <BAM|FASTQ> -b1 <BAM|FASTQ>
-b2 <BAM|FASTQ> -n1 <INT> -n2 <INT> -o <OUT_DIR>
[-F <INT>] [-T] [-e <DATABASE>] [--species <NAME>]
这玩意需要准备的数据有几个，第一部分是两个亲本的测序数据，使用的是参数-p输入 两个亲本就输入两次-p
-p P1_1.fq,P1_2.fq
-p P2_1.fq,P2_2.fq
第二部分是两个池的数据，
-b1 bulk1_1.fq,bulk1_2.fq,
-b2 bulk2_1.fq,bulk2_1.fq,
测序数据准备完了，剩下就是一些细节参数，比如每个池子里面的样本数
-b1 int
-b2 int
能用的线程数
-t cpus
这软件有个特殊的功能，似乎是有人搞了些验证过的snp，用于过滤，目前支持Arabidopsis, Cucumber, Maize, Rapeseed,Rice, Tobacco, Tomato, Wheat, and Yeast等物种，可以增加snp的准确性吧。
qtlseq -r reference.fasta \
-p parent.1.fastq,parent.2.fastq \
-b1 bulk_1.1.fastq,bulk_1.2.fastq \
-b2 bulk_2.1.fastq,bulk_2.2.fastq \
-n1 20 \
-n2 20 \
-t 48 \
-o example_dir
然后个人试用的话，感觉还是太慢了，测序数据清理用的Trimmomatic慢出天际，比对走的是bwa流程，其实讲究加速的话，可以先用fastp-----bwa-mem2-------sambamba流程先建立好所有的去重的bam文件，然后再把bam文件进行输入，速度快得多，所以我个人更喜欢如下这样：
qtlseq -r reference.fasta \
-p parent_1.bam \
-p parent_2.bam \
-b1 bulk_1.bam \
-b2 bulk_2.bam \
-n1 20 \
-n2 20 \
-t 48 \
-o example_dir
最后输出的文件夹里面包含了各种中间内容：
├── 10_ref
│ ├── reference.fasta
│ ├── reference.fasta.amb
│ ├── reference.fasta.ann
│ ├── reference.fasta.bwt
│ ├── reference.fasta.fai
│ ├── reference.fasta.pac
│ └── reference.fasta.sa
├── 20_bam
│ ├── bulk1.filt.bam
│ ├── bulk1.filt.bam.bai
│ ├── bulk2.filt.bam
│ ├── bulk2.filt.bam.bai
│ ├── parent.filt.bam
│ └── parent.filt.bam.bai
├── 30_vcf
│ ├── qtlseq.vcf.gz
│ └── qtlseq.vcf.gz.tbi
├── 40_qtlseq
│ ├── bulk1_SNPindex.png
│ ├── bulk2_SNPindex.png
│ ├── delta_SNPindex.png
│ ├── sliding_window.tsv
│ ├── sliding_window.p95.tsv
│ ├── sliding_window.p99.tsv
│ ├── np_index.tsv
│ ├── snp_index.p95.tsv
│ └── snp_index.p99.tsv
└── log
├── bcftools.log
├── bgzip.log
├── bwa.log
├── samtools.log
└── tabix.log
还有图，看起来还不错。
