Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功）

（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允许转载的请私信告知我，我会立即删除，谢谢）
velocyto用于单细胞数据的分析（RNA速率分析）的工具。除了常用的拟时序轨迹分析，RNA速率分析也是一种细胞命运分析的工具。原理不再赘述（主要是咱也不太懂），简言之，细胞中的RNA在转录后会存在剪切成熟的过程，根据对不同成熟度的RNA的分析，确定细胞在发育过程中的先后。
velocyto有pyhton版本和R版本，velocyto.R只能用于python版分析后产生的.loom格式文件的下游处理，并且只能在Linux系统运行（在Windows系统安装了多次失败后的血泪经验）。

1. python版velocyto的安装

velocytopython版使用conda和pip还是比较顺利的。

1.1 作用

pyhton版velocyto的作用是将.bam转换为.loom格式，.loom可以用python继续下游分析，也可以使用R进行分析。

图片来自velocyto官网

1.2 输入输出文件

velocyto的输入文件包括3个。其中，2个gtf，rmsk重复序列的.gtf文件可以在UCSC下载，教程可以参考这个文章中的“下载特定物种的特殊gtf文件”使用基于python的velocyto软件做RNA速率分析 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)；
另一个gtf文件可以在cellranger官网下载。
同时还需要cellranger软件下机的outs文件夹，该文件夹中包括.bam文件和其他一些中间文件。

来自velocyto官网

1.3 安装

python版velocyto的安装根据velocyto官网的教程进行安装即可，Installation Guide — velocyto 0.17.16 documentation。

1.3.1 创建并激活子环境

conda create -n velocyto # python版本应该大于3.6
conda activate velocyto

1.3.2 安装依赖的包

conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click

1.3.3 pip安装pysam、velocyto

pip install pysam
pip install velocyto

安装成功后，输入velocyto --help，输出如下，表明安装成功：

~$ velocyto --help
Usage: velocyto [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:
  --version  Show the version and exit.
  --help     Show this message and exit.

Commands:
  run            Runs the velocity analysis outputting a loom file
  run10x         Runs the velocity analysis for a Chromium Sample
  run-dropest    Runs the velocity analysis on DropEst preprocessed data
  run-smartseq2  Runs the velocity analysis on SmartSeq2 data (independent bam file per cell)
  tools          helper tools for velocyto

2. R版velocyto.R的安装

参考的教程：hdf5安装_成功安装velocity.R!

2.1 conda创建一个独立的环境

强烈建议创建一个独立的环境，因为各种依赖包版本不同的话就无法进行下去，要防止各种包和库文件之间的相互影响。

conda create -n R4velocyto
conda activate R4velocyto

2.2 conda安装R及相关R包、库

我使用conda安装了4.0版本的R，其他版本或者最新版本没有尝试。

conda install -c conda-forge R=4.0 # 搜索python的channel进行添加

经验表明，使用conda安装包括devtools包在内的包是个不错的选择。缺什么依赖包，就安装好了

conda install r-curl
conda install r-rversions
conda install r-credentials
conda install r-httr
conda install r-gert
conda install r-gh
conda install r-rcmdcheck
conda install r-usethis
conda install r-hdf5r
conda install r-devtools

安装库文件，参考了该博主的教程hdf5安装_成功安装velocity.R!

conda install -c conda-forge openmp
conda install -c anaconda boost

2.3 安装velocyto.R

安装依赖包并进行下载velocyto.R。

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install('pcaMethods') # BiocManager安装依赖包pcaMethods
library(devtools) # 加载devtools包
install_github("velocyto-team/velocyto.R") # 安装velocyto.R

启动R，加载包，显示下面的界面，便是安装成功了。

> library(velocyto.R)
Loading required package: Matrix