生信星球培训第108期

学习小组Day6笔记-王小豆

2021-05-19  本文已影响0人  王小豆

Miniconda的安装

网页:https://repo.anaconda.com/miniconda/
下载miniconda:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda:
source ~/.bashrc(一定要在ubuntu下有这一步,不然提示conda找不到)
设置镜像:

镜像.png

miniconda安装fastqc示例

安装fastqc:
conda install fastqc -y(-y:自动安装)
(若指定安装版本:conda install 软件名=版本号,-y/不加)
卸载fastqc:
conda remove fastqc -y

conda补充知识

conda info --envs(查看conda环境)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立新环境rna-seq,指定Python版本为Python3,自动下载两个软件)
conda info --envs(此时会比默认环境多出一个rna-seq环境)
conda activate rna-seq(激活这个环境,把它当成默认环境,此时用conda info --envs查看,*在这个环境前)
输入fastqc,出现下图,成功。


fastqc.png

conda deactivate(退出conda)

心得

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