生信星球培训第五十二期

学习小组Day3笔记--尤少林

2020-04-12  本文已影响0人  FSAE

下载Miniconda

  1. 下载地址:conda清华镜像
  2. 查看当前服务器多少位 uname -a
  3. 下载Miniconda。wget+空格+下载地址
    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    下载miniconda

安装Miniconda

运行上一步所下载的脚本文件(Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活Miniconda

source ~/.bashrc

添加conda镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

Miniconda的使用

  1. 查看Miniconda所包含的软件
    conda list
  2. 搜索软件与安装软件(fastqc)
    conda search fastqc
    conda install fastqc -y
  3. 卸载软件
    conda remove fastqc -y
    注:-y表示自动安装/卸载(默认安装/卸载最新版本)如果要指定版本号:conda install fastqc=0.11.7 -y

创建不同的conda环境(conda Environment)

  1. 查看当前conda有哪些环境
    conda info --envs
    2.创建新的conda环境
    比如我们要处理转录组数据了,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  2. 激活新的conda环境
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
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