用blast进行本地化搜索PHI数据库

PHI（pathogen host interactions）是一个病原菌和宿主互作的数据库，包含了许多已报道的病原菌致病相关基因的信息。网页版的PHIB-blast只能支持很少的序列搜索，但数据量大了只能选择本地blast。
在下载数据前需要注册填写一点信息，如何下载fasta格式文件，命名为PHI-base.fasta。

1、创建blast数据库

makeblastdb -in PHI-base.fasta -dbtype prot -out PHI-base
具体参数可以用makeblastdb -help查看，
-in: 需要建库的文件；
-dbtype：建库文件的类型，核酸用nucl，蛋白用prot。
-out:库名称。
该命令会产生三个文件，分别以.phr，.pin，.psq结尾。

2、运行blastp

blastp -db PHI-base -query myfa.fasta -outfmt "6 qseqid sallseqid evalue bitscore pident -out my_blast"
具体参数可用blastp -help查看，
-query：需要blast的文件；
-outfmt：结果输出格式和内容。6,7分别表示以有comments和headers或无的表格输出，后面的qseqid等可在帮助中查看。
-out：输出文件名。