解读一篇9分SCI生信文章：顺应潮流才能一蹴而就

一篇高分文章，除了内容创新，数据扎实，还需要什么？紧跟热点！这不是功利的想法，是识时务者为俊杰的态度。现在生物领域什么方向最火？生物，生物里什么最火？肿瘤！肿瘤里什么方向最火？免疫！免疫什么方向最火？CAR、Checkpoint！今天，我们就来解读一篇9分文章，看作者如何顺应潮流，一蹴而就！

背景：肿瘤的生长和进展与免疫抑制有关，已知癌细胞能够激活拥有免疫抑制功能的不同免疫检查点途径，从而抑制免疫系统活性以实现逃避免疫细胞的识别和清除。免疫检查点治疗可以通过阻断免疫系统这种抑制信号来增强抗肿瘤免疫应答，最近的报道显示，多种恶性肿瘤的患者已经受益于免疫检查点抑制剂治疗。

然而，免疫检查点治疗也同时存在一些重要问题，如对免疫疗法的显著反应目前仅限于少数患者和适应症、免疫相关不良事件出现等。由于免疫检查点治疗的低响应率，在许多未选择的肿瘤患者中，免疫治疗没有观察到有意义的临床益处，但一部分肿瘤患者却表现出有益的响应，这说明免疫检查点疗法对于受益的患者群体具有一定的选择性，因此进一步区分肿瘤的免疫亚型对于改进临床试验设计和鉴定可能受益于免疫检查点治疗的患者是十分必要的。

今天讲解的是一篇来自《Cancer immunology research》的文章，发表于19年5月，这是一本非常经典的肿瘤免疫学相关杂志，医学1区，免疫学2区，年发文量: 106，影响因子9.188，大家可以关注一下。

文章主要的工作是利用TCGA和GEO临床生存数据和基因表达数据来构建免疫调节途径和免疫亚型标记之间的关系，以及对肿瘤患者存活的影响。

1.免疫检查点基因表达：

通过免疫检查点基因将样本分类，并且观察到PD-L1（CD274）表达与IDO1具有显著的正相关性，表明二者呈现协同表达模式。

2. 免疫检查点基因与预后的关系： 

a) PD-L1 和IDO1与不良的预后有关，CTLA4则与较好的预后有关 

b) LAG3、TIGIT等则与预后没有关系

3. 适应性免疫抗性通路基因与免疫检查点基因的关系 

CD8 T 细胞能够产经 IFNγ，导致适应性免疫抗性通路基因（包括 PD-1/PD-L1 axis 和 IDO1 等）的表达上调，因此分析了 CD8A、CD68、NOS2 等基因与 PD-1/PD-L1 和 IDO1 的相关性。

a) CD8A是CD8 T细胞标志基因，与 PD-1/PD-L1 和IDO1具有正相关性

b) CD68是macrophages或其他 monocyte lineage cells的标志基因，这些细胞也可以产生 PD-1。相关分析表明CD68也与PD-1具有正相关性

c) GZMB是CD8 T细胞cytolytic activity标志基因、NOS2是M1 macrophage标志基因，均与PD-L1/IDO1具有正相关性。

4.Th1/INFγgenesignature与PD-L1/IDO1的关系

Th1主要分泌INFγ，这与antitumorimmune response激活有关，我们发现 PD-L1/IDO1表明与Th1/IFNG基因表达有相关性，表明 PD-L1/IDO1表达上调是由细胞毒性T cell antitumorresponse引起的。

5.CD8A和PD-L1/IDO1定义的亚型与预后的关系

虽然CD8A表达（Th1/IFNγ）与PD-L1上调表达有关，但是有些患者却出现CD8A表达而对应的PD-L1表达缺失（无表达），因此研究了CD8A High/Low与PD-L1-/PD-L1+对预后的影响。

a) 虽然CD8A与预后没有关系，但是CD8A高表达组中无PD-L1表达患者具有最好的预后。

b) 同样的模式适用于IDO1与CD8A的关系。

7. 在独立验证集中进行验证：

PD-L1/IDO1 与 CD8A 的关系与 TCGA 数据的结果一致。

结论： 本文利用TCGA和GEO的临床数据和基因表达数据研究了免疫调节途径和免疫亚组标记之间的关系及其对肿瘤患者预后生存的影响。

1. 在适应性免疫抗性途径中，PD-L1和IDO1的表达分别与较差的存活率相关。 

2. 尽管单独的CD8表达与存活无关，但PD-L1和高CD8表达的组合鉴定了具有有利存活的亚型。 

3. 使用来自独立数据集进一步扩展了这些观察结果，再次观察到PD-L1/ CD8高亚型与阳性预后相关。

来源:文章转自弗雷赛斯微信公众号