生信可视化数据分析方法

跟着Nature Communications学画图

2020-10-28  本文已影响0人  小明的数据分析笔记本

最早是在 小丫画图 公众号发现的这个推文 这套代码,完全复现这篇Nature Communications,当时点了收藏,然后就让他去吃灰色了。最近又给想起来了。大体看了一下论文和原始代码,决定花时间重复一下。论文里一共有11幅图,4幅图放在正文里,7幅图放在了补充材料里。数据和代码全部公开在了github,对应的链接是https://github.com/karkman/crassphage_project 。接下来的时间希望每天能够重复其中的一幅图。今天的推文算是立个小旗。后面如果没有做到欢迎大家催更哈。

下面是来自论文中的图

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图一是用基础绘图函数画的,重复完原始代码争取使用ggplot2来画一下。

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图二散点图然后分组添加拟合曲线

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图三和图四和图二差不多,但是更改了图例的位置

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补充材料图一 散点图,分组添加拟合曲线,然后组图,共享图例。


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补充材料图二


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补充材料图三


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补充材料图四和图五 散点图和箱线图 image.png

补充材料图六合图七

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