「bedtools」屏蔽指定区域
2021-03-03 本文已影响0人
溪溪溪溪溪川
NCBI数据上传报错处理方法之一：
Exclude的去除
Trim的以下区域用N屏蔽
用N屏蔽：rm
bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -mc
-fi 输入基因组文件
-bed 需要屏蔽的区域，bed格式
-fo 输出基因组文件名
-mc 硬屏蔽，用N屏蔽
用小写屏蔽：sm
bedtools maskfasta -fi Lachesis_assembly_changed.1.fa -bed trim.bed -fo Lachesis_assembly_changed.1.mask.fa -soft
查看屏蔽区域是否涉及基因
bedtools intersect -a trim.bed -b V2.gene.bed >V2.intersect.bed
