批量注释基因到基因座上(map gene to locus)
2021-09-06 本文已影响0人
橙子牛奶糖
GWAS研究中经常涉及到基因座（locus）的概念，下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。
1、单个基因注释到基因座
对于单个基因的基因座注释，比较简单，常用的工具有：UCSC Genome Browser、NCBI。
比如UCSC Genome Browser：
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还有NCBI：
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2、批量注释多个基因到基因座
下面介绍一个网页版的批量注释基因到基因座的工具：BioMart
进入网址：http://www.ensembl.org/biomart/martview
如下所示：
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以人类为例，进入网站后，在CHOOSE DATABASE中依次选择Ensembl Genes 104、Human genes (GRCh38.p13)：
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依次点击Filters、GENE，在GENE栏中选择基因格式，这里以HGNC symbol(s)为例，选择完毕后，在输入框中把基因名黏贴进去：
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随后依次点击Attributes和GENE，在GENE栏中勾选Chromosome/scaffold name、Gene start (bp)、Gene end (bp)、Karyotype band、Gene name:
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最后，点击左上角的Results，结果如下所示：
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可以看到，Karyotype band这一列就是我们要的基因座信息，最后点击Go就可以把结果下载下来啦。
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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