推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockS

最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。

最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow，比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点，直接输入vcf文件即可，简直就是心头好。

直接下载安装:

wget https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow/archive/v1.33.tar.gz
tar -zxvf v1.33.tar.gz
cd LDBlockShow-1.33/src/
sh  make.sh 
cd ../bin/

画LD图：

LDBlockShow -InVCF 1000genomes.vcf.gz -OutPut file -Region chr11:2142000:2342000 -OutPdf

解释一下：

LDBlockShow指LDBlockShow软件；
1000genomes.vcf.gz：压缩格式的vcf文件；
file：输出文件名为file；
chr11:2142000:2342000指的是画区域chr11:2142000:2342000的连锁图，这里注意一下，如果你的染色体号不是chr开头，而是以阿拉伯数字开头的话，则需要写成11:2142000:2342000;
-OutPdf输出格式为pdf;

画完后效果如下所示：

image

我们还想个性化修改一下图的颜色，则用以下命令：

ShowLDSVG -InPreFix file -OutPut fileout -crMiddle 192,192,192 -crEnd 64,64,64 -crTagSNP 255,0,0 -OutPdf

ShowLDSVG指的是ShowLDSVG软件的地址；
file指的是上个步骤生成的file文件名；
fileout指的是输出文件名；
-crMiddle指的是不完全连锁时（R^2/D’）的颜色，颜色可以用RGB表示；
-crEnd指的是完全连锁时的颜色，颜色可以用RGB表示；
-crTagSNP指定tagSNP的颜色，颜色可以用RGB表示；

效果图如下所示：

image

另外提一下，使用这个软件时可能会存在的报错：Perl lib version (5.28.1) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)

解决方案见链接：https://www.jianshu.com/p/4c68570bb087

image