空间转录组之空间基因和细胞轨迹

作者，追风少年i~

hello，又是一周，新的开始，今天的内容简单，逻辑图如下

Spatially-resolved transcriptomics profiles in multi-regional sites in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC)

大家可以看的出来，空间转录组运用的是BGI平台，Stereo-seq，研究的重点就是空间区域的细胞和基因轨迹。其实我们在分析空间转录组的时候通常可以识别到明显的界面，无论是肿瘤还是正常组织，如下图：

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其实也不止一次提到过这种界面分析在空间转录组的重要性。

最开始的分析就是空间区域的细胞密度，这个可以参考文章10X空间转录组数据分析之空间细胞密度，

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紧接着就是细胞的空间轨迹

细胞空间轨迹示意图

下图是分析的示例

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当然了，结合细胞的空间分布与显著性分析，更为直观

Segmentation of margin areas and distinct features of immune cells and tumor cells at invasive fronts

区域的差异可以表征功能差异，同时也体现了基因的空间轨迹

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空间轨迹分析真的是尤为重要

空间轨迹分析

边界部分永远是重点

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