从rmsk提取序列进行mapping等

1.下载rmsk：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/rmsk.txt.gz

2.head看：

name有的是相同的

3.看第13列的分类：

3.提取目的bed：

awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{if($13=="ERVL") print $6,$7,$8,$11":"$6":"$7,$10}' rmsk.txt > ERVL.fine.bed

4.提取fasta：

bedtools getfasta -fi /media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/sun/refdata/gencode_GRCm38/GRCm38.chr.fa -bed ERVL.fine.bed -s -name | fold -w 80 > ERVL.fa

5.index:

hisat2-build -p 20 Alu.fa Alu