quarTeT:Telomere-to-telomere Too

2023-07-02  本文已影响0人  GenomeStudy

quarTeT软件报错情况及处理

##在端粒序列识别过程中,有一个tmp文件找不到
[Info] Running tidk explore...
Traceback (most recent call last):
  File "/share/home/off_wenhao/biosoft/quarTeT/quartet_teloexplorer.py", line 138, in <module>
    quartet_util.run(teloExplorer, args)
  File "/share/home/off_wenhao/biosoft/quarTeT/quartet_util.py", line 11, in run
    func(args)
  File "/share/home/off_wenhao/biosoft/quarTeT/quartet_teloexplorer.py", line 22, in teloExplorer
    with open(f'tmp/{prefix}.txt', 'r') as r:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp/sx_tm.txt'

依赖tidk,但是安装的tidk不能是最新最高版本的。如果是,需要对其进行降级处理。
降级的方式也很简单

#conda 安装的用户,可以直接覆盖安装并降级
conda install tidk=0.2.1 -y

#手动安装的用户,那就重新安装较低等级的即可
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