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Oncomine

2020-05-14  本文已影响0人  猪莎爱学习

莎莎写于2020.5.14✍作为单元课第一个要学的数据库:Oncomine 我竟然不知道它,而且拖到现在都没有去学,果然出来混都是要还的嘤嘤嘤😄实验部分刚开始进行,生信这边也不能丢到一边不管,毕竟是和老师说过我的宏图壮志的,怎么能就这么说过了就不管了呢。所以还是要抓住时间赶紧先学起来💪

Oncomine网址:https://www.oncomine.or

1.注册与登录

第一次打开,是这样的
主页面介绍
注册
我打开了注册界面
注册成功
image.png

但是我用我的学校邮箱没有注册成功,不知道什么原因~

后续:昨晚一直在和Oncomine的Support发邮件问我为什么没有收到邮件,弄了好久,发邮件发了5个来回,今天终于收到邮件了,太开心了!


终于收到邮件了!

那么下面就可以进行正式的操作啦~

登陆进去
自动跳转了提示你改密码的界面
改密码成功

然后就是Oncomine会给你发一个密码修改成功的邮件,然后就可以正常使用了,下次登陆的时候就可以用新修改的密码登录就好啦~🤭


确认修改密码的邮件
开心~
已登录
可以正常使用啦~

3.核心功能:基因表达差异分析

应用1
检索基因表达谱差异(乳腺癌为例)
image.png
image.png
可以多勾选几个研究结果进行比较
image.png
应用2
可以直接点击左边的Breast Cancer
image.png
image.png
image.png

2.核心功能:基因表达与临床相关性

以CPSF7为例:
image.png
image.png
在Excel中,表头输入:表达值 组织类型 样本编号 生存状态
image.png
image.png
然后在表一 用VLOOKUP函数查找

有了基因表达,生存状态以及随访时间,就可以进行生存分析了,常用的生存分析有生存曲线和COX回归;还可以把年龄,复发状态,病理分期等数据摘录下来,做单因素和多因素的分析。Oncomine也可以在线分析:

image.png

还有很多功能可以在GROUP BY中选择

4.基因共表达分析

image.png

5.利用生存分析的数据绘制生存曲线

输入数据: image.png

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