2021-06-30vcftools的相关参数和使用

1.vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具。

2.输入参数

–vcf <input_filename> 支持v4.0及以上版本的VCF文件

–gzvcf <input_filename> 通过gzipped压缩过的VCF文件

–bcf <input_filename> BCF2文件

3.输出参数

–out <output_prefix> 输出文件，直接对应输出文件命名

–temp <temporary_directory> 指定结果的输出目录

–stdout 可接管道符对输出结果进行重新定向

4.根据位置过滤

–chr <chromosome>  包含匹配的染色体

–not-chr <chromosome>  排除匹配的染色体

–from-bp

–to-bp      这两个参数需要和–chr一起使用，指定要处理的一系列站点的下限和上限

–positions<filename>

–exclude-positions <filename> 根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含（制表符分隔的）染色体和位置

5.  (1)过滤掉indel，只保留snp。

vcftools --remove-indels --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.snp.vcf

(2)过滤掉snp，只保留indel。

vcftools --keep-only-indels  --recode --recode-INFO-all --vcf raw.vcf --stdout >raw.indel.vcf

6.根据基因型数值过滤

–max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤

–hwe<float>

–max-missing <float>完整度，该参数介于0，1之间

–min-meanDP<float>

过滤没有缺失的snp位点。如下示例：

vcftools  --vcf snp.vcf  --recode --recode-INFO-all --stdout  --max-missing 1 > snp.new.vcf    ##--max-missing 后跟的值为 0-1 ，1代表不允许缺失，0代表允许全部缺失

7.核算多样性统计

–site-pi 计算所有SNP

–window-pi

–window-pi-step

8.输出格式

–recode

–recode-bcf

–recode-INFO

–recode-INFO-all

–contigs

9.格式转换

–012

–IMPUTE

–ldhat

–ldhat-geno

–BEAGLE-GL

–BEAGLE-PL

–plink

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