【网络图】绘制"上流"的网络图

上篇学习了如何用Gephi绘制网络图，今天学习做个复杂点，一看就让人觉得是高水平文章的“上流”的网络图，学习绘制下面这个樱花图。

下面是这个图的原始数据的edge文件：

和上一个文章一样的操作，导入edge文件，可以看到共有1048个node，1672个edge。

然后计算一些统计的参数，例如average degree（平均度），modularity（模块化指数）等。

然后，调整点的颜色和大小。在Partition选项下，选择计算得到的Modularity的数据，对网络图进行按模块着色。

在Ranking选项下，将点的大小与degree建立映射，手工调整结点的最大和最小尺寸：

然后，调整网络图的Layout，这里将Layout改为Yifan Hu，参数保持默认。有没有那么点大paper的意思了。（注：我比较把握不好的是这几个layout分别适合什么样子的数据类型，更适合什么样子的数据性质）

例如这个是选择ForceAtlas 2的效果：

这个是Fruchterman Reingold的效果：

可能还是要看自己的数据集，以及想说明的问题，强调最想强调的部分来解释自己的结果为好。

然后自己再微调一下，比如我把一些比较杂的边移动了一下位置，看起来毛边边少些。

最后导入矢量图即可：

这种layout看起来比较适合hub node比较少，大多数的网络都属于这几个hub-node的子集，有点像多维的venn graph。

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