内容来自文章：Benefits and limitations of genome-wide association studies

GWAS

注：染色质开放性（chromatin accessibility）是指真核生物染色质DNA在核小体或转录因子等蛋白与其结合后，对其他蛋白能否再结合的开放程度。这一特性反映了染色质转录活跃程度，结合其他DNA修饰（如甲基化）信息，特定条件下的染色质开放性变化可以提供大量的基因表达调控信息，为各种蛋白结合新位点的发现指明方向。

GWAS using SNP arrays versus WGS

GWAS reference panels

GWAS的一般好处

1.GWAS在识别新型变异性状关联方面非常成功。
2.GWAS可以导致新的生物机制的发现。
3.GWAS研究结果具有多种临床应用。
4.GWAS可以提供对复杂性状的种族变异的洞察力。
5.GWAS与低频和罕见变体的研究相关。
6.GWAS可用于鉴定新的单基因和寡源疾病基因。
7.GWAS可以研究除SNV之外的遗传变异。
8.GWAS数据用于基因识别之外的多种应用。
9.GWAS数据生成，管理和分析非常简单。
10.GWAS数据易于共享，公共数据有助于新发现。
11.迄今公布的GWAS调查结果仅代表冰山一角。

特定于基于SNP芯片的GWAS的优点

基于SNP芯片的GWAS使用可靠的基因分型技术。
基于SNP芯片的GWAS对于识别风险基因座具有成本效益。

11.迄今公布的GWAS调查结果仅代表冰山一角

GWAS的一般局限

1.GWAS受到重要的多重测试负荷的惩罚(penalized)。
2.GWAS只解释遗漏遗传力的一小部分。
3.GWAS不一定能确定因果变异和基因。
4.GWAS无法识别复杂性状的所有遗传决定因素。
5.GWAS在检测人类上位性(epistasis)方面基本上没有成功。
6.GWAS信号可能是由于神秘的人口分层造成的。
7.GWAS的临床预测价值有限。

基于SNP芯片的GWAS特有的限制

基于SNP芯片的GWAS依赖于预先存在的遗传变异参考面板。
基于SNP芯片的GWAS无法检测导致疾病的超罕见突变。

总结