GFAP---Alignment模块

Alignment，即比对。这是在进行所有功能注释几乎都要进行的一步。如下图所示：

Alignment模块

如图所示，该模块可分为三个大的区域。事实上，做出软件功能只是最后一步，先期需要构建数据库。本次的数据库构建是以查找蛋白结构域为基础的。所以在比对环节，我强烈建议同学使用蛋白序列进行比对。那么，有同学就要说了，我这边没有蛋白序列怎么办？第二大区域可以帮助同学们将的DNA序列批量翻译成蛋白序列，当然，这里有一个小的前提，那么就是你需要保证你的DNA序列长度是三的倍数，至于为什么，这里就不做过多介绍了（不需要刻意看，如果不是三的倍数，翻译的结果中会有提示）。当然，在这种情况下，有些同学可能仍然无法得到蛋白序列，这个时候就不得不用DNA进行比对了。如果是这种情况，需要同学们到数据库网站下载相应物种的DNA数据（该数据正在完善中，十一前可以完成）。可以点击此按钮，连接到网站：

点击按钮连接网站

做了基本介绍后，下面，我介绍具体功能使用：

相应功能

第一个需要放入你的蛋白文件，老规矩，文件格式为fasta格式，可以采用拖拽的形式放入文件。第二框是选择你需要比对的物种，括号中是它所在科的名字，可以根据你物种所在的科进行选择。第三个框是非必须选项框。它所规定的是evalue值。本软件采用的比对内核是diamond程序，这个程序与传统的blast相比，它的速度更快、准确性更高，但正是由于准确性太高，有的时候有可能导致一些假阴性情况，也就是说可能有些基因没有比对或者注释上，如果同学们感觉比对的太少，可以通过提高evalue值来进行改善（默认evalue为1e-5）。再就是保存位置以及命名等，完成后点击“align”就好。在这里需要和同学们说一下，如果界面显示未响应，这个时候不要慌，那是软件在计算不是真的未响应。

翻译功能

因为同学们手里的DNA文件可能在格式上会多少有些差别，所以需要同学们在放入文件后先进行一下格式化（format），不要担心，当功能完成格式化的文件将会自动删除，不会占用同学们过多的电脑空间。然后，设置一下比对的路径并对结果进行命名即可，点击“translate”就可以进行批量翻译。

第三个是DNA比对：

DNA比对

基本操作还是和先前一样。再声明一下，DNA数据库正在处理，会在十一前完成。点击第一个按钮会连接到数据库（https://gitee.com/simon198912167815/gafp-database）

DNA数据库的位置

下载好了之后，同学们需要将下载的库放入到GAFP安装位置的database里，解压与不解压都可以

放入数据库的位置

小贴士：这个位置也是放入蛋白数据库的位置。我一直在想办法解决数据库的大小问题，但涉及到的物种很多，好像就是缩小也缩不到哪里去，这样的话，我将选择权交给同学们，这个文件夹里的物种从藻类到苔藓，地衣，以及裸子和被子植物。如果同学们确定你肯定不需要哪些物种，你可以考虑把这些物种直接从该文件夹删除。