Linux 环境下的软件安装

安装miniconda

miniconda 包含了常用生信软件包的软件商城
下载 miniconda (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)
uname -a 查询服务器为多少位，右键复制最新版本的miniconda的链接
cd biosoft
wget右键粘贴链接
ls 显示文件名，右键复制文件名
bash 右键粘贴文件名
enter 或 yes
source ~/.bashrc 激活软件
conda 检查是否激活
使用清华镜像，输入代码

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

至此miniconda安装结束

从miniconda中下载软件

conda list查看服务列表
conda search fastqc 搜索fastqc
conda install fastqc -y 安装fastqc

从miniconda中卸载软件

conda remove fastqc -y 卸载fastqc

建立名为rna-seq的conda环境

conda info --envs查看当前conda环境，为默认，在base前
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建名为rna-seq的conda环境，并下载fastqc、trimmomatic
conda activate rna-seq 激活新的conda环境
conda info --envs重新查看conda环境，转移到rna-seq上了
conda deactivate 退出当前环境，若查看则*为默认，重新回到base前