Day3:Longitudinal analysis of th
information:
author information
time:8 January 2024
journal:gut microbes IF=12
Objective:
与健康对照 (HC) 相比，AN 患者表现出菌群失调；然而，其根本机制尚不清楚，关于微生物组变化的影响因素和纵向过程的数据也很少。
Results:
figure1
实验设计（因为健康人群是自己采集的样本，环境和采集过程中的污染问题应该存在，但这里没有设置negative control 和 环境对照，不会对结果有影响吗？还有没有很清楚知道采样时间点的设置，BMI 为什么时而10 时而15）
figure2
Fig2A: 住院治疗记录的逐渐增加千卡的体重恢复
Fig2B: BMI-SDS KIGGS
Fig2C: 在入院、出院和随访时测量血清瘦素(leptin)浓度，以测试激素恢复情况
figure3
fig3AB: AN青少年患者的肠道微生物组组成与入院时急性饥饿期间的 HC 显著不同，但考虑到整体 α 多样性时，未检测到差异。作者认为微生物组在治疗过程中发生了变化，但在所有时间点都与 HC 至少部分不同，即使是在 1 年随访时体重恢复的患者中也还是和正常人不同。
fig3C: alpha多样性。AN患者随访1年后的alpha-diversity与其他时期显著不同，而且随着治疗这个多样性逐渐下降，这怎么解释？药物？而且一年后的多样性最低，是药物治疗的持续性作用吗？治疗前即使体重等不健康，但多样性和HC无异，怎么解释？
figure4
fig4A:为了检验 AN 患者的粪便微生物组在横截面和纵向上都具有独特组成的假设，作者通过比较不同分类水平（从phylum 到 ASV 水平）患者的微生物组。基于 Bray-Curtis 差异的 PERMANOVA 显示，从family水平到 ASV 水平，入院时 AN 患者与基线 HC 患者之间的总体微生物组组成存在差异。
fig4b: 展示了一些组之间beta多样性比较的结果。
figure5
fig5：为了研究哪些临床变量与总体微生物组组成相关，作者对 Bray-Curtis 差异指数应用了 PERMANOVA 分析。
figure6
fig6：线性模型分析与基线时特定taxa的丰度与 1 年随访时的 BMI-SDS 相关，同时校正泻药使用、病程、体重减轻和入院时的 BMI-SDS，确定了四个genus 和 4个ASVs与 1 年随访时的 BMISDS 相关。
Summary：
9个时间点数据与健康对照比较，全文也就是两种多样性和一些临床信息的比较，有存在差异的结果，但对整个实验设计还存在一些疑惑，讨论部分写了很多，从result上感觉不到太多重要信息。
Data:
57 adolescent（12-20 years） inpatients diagnosed with AN at up to nine time points (including a 1-year follow-up examination) and compare these to up to six time points in 34 HCs.
16S rRNA gene sequencing for 359 stool samples
Sth to learn:
multilevel partial least squares-discriminant analysis (mPLS-DA) for beta-diversity
record some words for writing
以上均个人观点，欢迎讨论。禁止转载，如有需要，请简信联系作者！
