如何从UCSC获取感兴趣区域的BED文件

2019-02-12

1. 首先进入UCSC的Table Browser：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

2. 按照下图例子进行参数设置

UCSC Table Browser提取BED文件举例

Tips: 将output format改选为“BED-browser extensible data”, output file一定要填写，如果空着的话即使选择了output format为BED格式也是输出网页形式; file type returned我一般都选择gzip compressed，下载相对快一些。

3. 点击Get output