[shell] 管道命令与"-" 占位符

 -L  CIGAR operations 由于旧软件无法处理超过65535 长度的记录，
-L 参数使得CIGAR 记录在后面CG tag 中，旧软件不处理那部分 也不会引起错误

--MD  输出 MD tags
MD是mismatch位置的字符串的表示形式，在call SNP和indel的时候会用到。

Manual Reference Pages - minimap2
MD Tags in BAM Files
SAMtools: SAM格式的处理利器

-Y  In SAM output, use soft clipping for supplementary alignments.
\#By default, BWA-MEM uses soft clipping for the primary alignment and hard clipping for supplementary alignments.

 这里将 软剪切 用于 支持的第二比对，其实就是丰富比对结果，更容易发现一些 在reads 里存在比较少的变异；增加敏感度；

-T  samtools sort 时，产生临时文件的前缀，#不要加了，没用，还容易报错
-o  输出文件名

类似占位符 的还有 xargs 中的 -i启用占位符 ，占位符为 {}
xargs用法管道和占位符

rm --help 中 产出 特殊文件时候，-- 作为占位符 ，替代参数位置

To remove a file whose name starts with a '-', for example '-foo',
use one of these commands:
  rm --   -foo

  rm ./-foo