Qplottools012-STAMP两组间差异分析

做组间差异分析，我们常用到STAMP软件，今天这个工具主要是模仿里面的两组差异分析功能，并且扩展了一些图表类型。很早就开始写这个工具，参考了小超超的代码，这两天进行了一些优化，增加数据均一化，配对检验，P值矫正，调整X轴最大值。

这个图主要两部分组成，左边是分组均值，右边是置信区间和P值。

界面

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1.导入数据，Qplottools中标准数据，和分组

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2.检验方法

选择的分组是两组的话，使用t.test，wilcox检验，是否配对，超过两组是anova 和 kruskal。

3.左图主要用于展示分组中变量的均值

柱形图，均值±SE

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箱线图，中间的长黑线是均值

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小提琴图，中间的长黑线是均值，白背景为箱线图

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4.P值矫正，默认是不矫正（none），并且后面的P值筛选函数，是筛选矫正后的P值

5. 变量排序方式：均值大小排序，或P值大小排序

其他参数

如果画好几张类似的图，并把他们拼接在一起比较的时候，希望左图的坐标范围一致可以自定义Xlim。

X轴最大值为100

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导出图形，导出模块增加了自定义名字，后面找图更方便了，感谢小伙伴的建议。

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结果表格

method 检验方法p.signif 为p.adjust后的值

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所有的表格进行了优化，下载表格时，记得把行数调到最大，下载的数据才完整。

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参考：STAMP图片库-生物信息学软件

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