Shell 常用命令

find `pwd`|grep 'se-final.bed'|xargs -i cp {} /linuxdata4/cjx2/SElnc/

 ##提取文件夹下的指定名称的所有文件并且复制到指定目录下

```dir=/linuxdata4/cjx2/SElnc/
for i in $dir/*
do
cat $i | awk '{ print $1,$2,$3,$4 }' > "$i"_new.bed                            ##提文件前四列
sed -i 's/chr//g' "$i"_new.bed                                                 ##删除chr字符
sort -n -k 1 -k 2 -k 3 "$i"_new.bed > "$i"_awk_sort.bed                        ##排序
grep -v -E 'X|M|Y' "$i"_awk_sort.bed > "$i"_normol.bed                         ##删除'X|M|Y'的字符
sed -i 's/^/&chr/g' "$i"_normol.bed                                            ##添加chr字符
rm "$i"_new.bed "$i"_awk.bed "$i"_awk_sort.bed                                 ##删除不要的文件
done

cd /linuxdata4/cjx2/grep_selnc/atac_tcga
chmod 777 *.*                                                                  ##进入文件夹然后更改权限
sort -k1,1 -k2,2n cancer_se_name_sort.bed > cancer_se_name_sort2.bed           
/linuxdata1/lyy/software/bedtools2/bin/bedtools merge -i cancer_se_name_sort2.bed > merge_se.bed     ##排序后merge区域

dir=/linuxdata4/cjx2/grep_selnc/atac_tcga
for i in $dir/*
do
/linuxdata1/lyy/software/bedtools2/bin/bedtools intersect -a /linuxdata4/cjx2/SElnc/merge_se.bed -b $i -wa > "$i"_atac_se.bed ##求区域交集
done


##下一步求atac-se区域的TF绑定和下游lncRNA(wangqing,23个原发癌)

awk '!a[$0]++' file > new_file 去重复行