GEO数据分析之代码详细注释

rm(list = ls())  ## 魔幻操作，一键清空~
options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型
# 注意查看下载文件的大小，检查数据 
f='GSE6306_eSet.Rdata'
# https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE6306
library(GEOquery)
# 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。
#Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
#Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
if(!file.exists(f)){
  gset <- getGEO('GSE6306', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,     ## 注释文件
                 getGPL = F)       ## 平台文件
  save(gset,file=f)   ## 保存到本地
}
load('GSE6306_eSet.Rdata')  ## 载入数据
class(gset)  #查看数据类型
length(gset)  #
class(gset[[1]])
gset
# assayData: 44149 features, 41 samples

# 因为这个GEO数据集只有一个GPL平台，所以下载到的是一个含有一个元素的list
a=gset[[1]] #
dat=exprs(a) #a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数
dim(dat)#看一下dat这个矩阵的维度

dat[1:4,1:4] #查看dat这个矩阵的1至4行和1至4列，逗号前为行，逗号后为列
boxplot(dat,las=2)
pd=pData(a) #通过查看说明书知道取对象a里的临床信息用pData
## 挑选一些感兴趣的临床表型。

if(F){
  pd$title
  library(stringr)
  group_list <- str_split(as.character(pd$title),',',simplify = T)[,1]
}

dat[1:4,1:4]