TBtools使用R

个性化Circos图的不断优化,用TBtools啊!

2019-04-03  本文已影响105人  生信石头

写在前面

在很久很久以前,由于课题的需要,我写了一个Circos图绘制功能(在TBtools里《任何人!十分钟掌握Circos图绘制》)....从那以后,我就再也没用过。这是一个比较复杂的问题,当你写了一个功能,最后这个功能却用不上的时候。这个功能就开始腐烂...
想想至少过去三个月了,期间我收到不少的反馈,其中有一部分人用得很开心,但是也有另一部分用得不是很开心,并提出了一些修改意见或者建议。按照我个人的习惯,我把部分我认为确实有用的意见或者建议都放起来了,然后,让这个功能继续腐烂。我用不到啊,完善起来除了占用个人的时间,似乎并没有任何意义。
然而,我从对应课题目前的发展动态,隐约可以感受到我又要用到这个功能了,于是我重新看了一下代码,人啊,总是要未雨绸缪。于是我参考了小超人提出的建议,增加了当前图片的配置保存和载入逻辑

功能的使用(具体参考《任何人!十分钟掌握Circos图绘制》)

很多时候,我们会设置一些输入,载入一些Track



随后出图


image.png
这个图片其实挺丑,于是可以对图片进行一些调整

调整之后...恩,我们发现,似乎我们要加入另外一个Track...那么这些配置需要先保存起来;我们并不希望每次增加一个Track就又要回到这个调整界面...
于是,点击一下按钮,



设置输出文件夹,即可保存整个Circos图所有相关配置信息(下次直接载入即可)

使用已有配置文件

用起来比较简单,在Amazing Super Circos界面点击



并设置为前述保存的目录(TBtools会读取对应的所有信息),点击Start即可回到原来的配置


不仅于此

我们可以在已有的Track信息上,增加新的内容;这样就不需要当心程序崩溃,或者是其他问题


还可以进一步

所有的信息,都已经形成了配置文件



换句话说,只要你有基本的认知,那么可以直接手动修改这些文本文件,从而达到出图的目的

写在最后

有时候,会有一些很奇怪的事情。大概就是:

你看到一个工具,觉得他很难用,于是你写了另一个工具,并希望他好用;可是最后却发现,你只是写出了一个更难用的工具。

其实,到最后你就会发现,复杂的图片,对应的并不是复杂的参数,而是复杂的参数文件。但是很多人并没搞明白....这不是一个编程与否的问题。

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