单细胞转录组分析R包seruat的版本比较

最近在用R学习单细胞转录组分析，让我比较头大的是seruat包，这个包的2.0+版本与3.0+版本差异真的很大。

参考视频是bilibili上‘生信技能树’的教学视频，用的是seruat2.3.4(下文中简称2+)，但是我在安装的时候是seruat3.1.4(下文中简称3+)，这就导致R包自带的很多功能出现了误差，下面就介绍几个我今天接触到的，自己理解的一些区别，请大神批评指正。

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首先是构建seruat对象，需要的参数还是counts和meta矩阵，

2.0+是这样的：S=CreateSeuratObject(raw.data = counts,

                            project = "NA",

                            meta.data =meta,

                            min.cells = 4,

                            min.genes = 200)

3.0+是这样的：S=CreateSeuratObject(counts,

                          project = "NA",

                          assay = "RNA",

                          min.cells = 4,  ##cells 过滤

                          min.features = 2000,              ##genes 过滤

                          names.delim = "_",

                          meta.data = meta)

区别是3.0+没有row.data,直接添加counts，min.genes变成min.features，得到的seruat对象中没有了row.counts矩阵，只剩meta.data矩阵，原本的row.counts数据直接用seruat对象代替了。如原来的rownames(S@row.counts)变成rownames(S)。这个在计算percent.ercc等时会有用到。

第二个就是很多函数都发生了改变，所以每次看到函数都要先？一下

2.0+                            3.0+

GenePlot                    FeatureScatter

CellPlot                      CellScatter

FindVariableGenes    FindVariableFeatures

...还有一些还在继续探索中

tips：今天下载R软件的时候发现一个能使下载速度飞起来的方法，那就是利用镜像

比如：install_github("immunogenomics/harmony"）

#http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/.下载的时候只有几k每秒，屡次怀疑家里wifi是不是被限流了，泪奔

#https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/利用镜像下载软件速度飞快