[m6A|数据库] m6A数据库总结(下)

之前通过R语言，我们在pubmed上获得了16个可能的m6A数据库。这次我们就对这16个m6A数据库进行总结整理

数据库汇总

通过对上述的16个得到的数据库进行整理总结，我们发现一共有14个是和m6A相关。在14个里面有一个数据库已经停止使用了，所以剩下了13个数据库和m6A相关。下面就对这13个数据库进行总结。

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代码类

代码类的数据库包括五个。其中RFAthM6A是一个拟南芥预测m6A甲基化的脚本。剩下的四个分别是2个R包；1个python脚本还有一个java的软件

R包

• DeepM6ASeq: 是一个基于深度学习的方式来寻找meRIP-seq当中差异的peak。同时可以结果表达谱数据来综合分析。

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• PEA：植物相关meRIP-seq数据分析流程

python

• DeepM6ASeq一个基于深度学习的方法。通过序列来预测m6A绑定位点的脚本

java

• m6a Viewer一个基于m6A-seq/ME-RIP数据来检测；分析和可视化m6A peak的软件

在线网址类

在线网址其实是很多不会代码的人常用的数据库。通过分组，一共有8个网上数据库。根据数据库的来源主要可以分为：

基于基因序列分析

这类数据库主要是通过输入的序列来预测m6A结合位点，这类的数据包括三个：

1. SRAMP：这个是最早的一个基于序列来预测m6A结合位点的数据库。也在整个m6A数据库当中被引最多的数据库。被引达到41次。这个数据库主要就是通过输入fa序列来预测其结合位点的可能性。

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2. BERMP: 一个基于深度学习的方式预测m6A结合位点的数据库。不好的地方在于，可能用的分析方法比较高级。提交完序列之后，好久没有出结果。反正我是没等出结果来。。。。

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3. iRNA(m6A)-PseDNC: 主要用于预测啤酒酵母基因组的m6A位点。

基于测序数据的数据库

这类的数据，主要是通过对一些公共的meRIP-seq的数据来进行分析。来获得通过数据分析的峰。这里面主要的还是MeT-DB V2.0和RMBase v2.0两大数据库。而且从被引次数上，这两个数据库都是18和19次。不相上下。另外一个是WHISTLE这个数据库自称比较了自己和另外两个数据库的结果，发现自己的结果相对来说更好一些。。。

• MeT-DB V2.0：这个数据库可以按照by samples; by m6A peaks以及by single-base m6A sites来进行检索。同时也包括了多个物种的信息。

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• RMBase v2.0：这个数据库相较于其他数据库不仅提供了m6A的查询。还包括了类似于m1A; m5c等等。

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• WHISTLE：这个数据库首先是自称比另外两个数据库更加准确。另外的话，这个数据库是可以基于基因名来进行检索的。另外的两个只能检索整个物种的数据，然后再检索。

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meRIP-seq数据在线分析

有时候我们自己会想要进一步的分析meRIP-seq的数据。但是我们又不了解相关的代码，怎么分析呢？

• RNAmod就可以用来分析测序出来的bed文件。这个数据库分析的结果基本涵盖了所有基因的分析，包括peak的分布，差异peak的富集等等。同样的分析的结果也可以直接下载下来。

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• 另外如果你想要分析的是网上公共数据例如从：MeT-DB V2.0和RMBase v2.0中的数据的话，这个都已经分析好了

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基于基因多态性预测

基因多态的改变会导致m6A甲基化的增加和减少。

• m6AVar是一个通过基因；染色体位置或者疾病来检索相关检索词上那些多态对于m6A结合的影响。这个数据结果包括meRIP-seq的数据以及预测的数据。

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