用cytoscape画网络图

经常看到文章中有那种好漂亮的网络图，偶也想自己画一个呢，但是不会咋整呢？

别急，今天本椒就分享一下用cytoscape画互作网络图！

看一遍就会啦。。。还不会！那就多看几遍哈。。哈哈。。。

好了，言归正传:

先来看张网络图

网络图

步骤如下：

第一，安装cytoscape软件。

        软件安装比较简单，给各位宝宝们贴一下官网网址https://cytoscape.org/ ，大家根据自己情况下载，这里就不展开了。

第二，整理画图的数据：

        看了上边的网络图，细心的宝宝会发现，其实网络图看起来复杂但本质就是点和线的组合排列罢了。嗯啦，真精辟的总结，手动给你点赞啦。。。

        画图的数据表格需要分两个表（不要看到2个表格就晕，其实超级简单的，因为计算机比较程序化（ben）...... 咱要用，就按这个ben的来拆就好了）

 1.首先需要一个点与点之间的关系表（线表，主角），贴一下表格，

说明：GeneID这里表示基因的名称， Relation表示2个基因的关系  

     线表------温馨提示：

         ** 点与点之间的关系表主要是点与点之间的一一对应的关系，比如我的GeneA与Gene001、Gene002、Gene003、Gene004等都有对应关系，这里可不能偷懒，需要全部列出来；单列内点编号可以重复，也就是一对多关系，但一般情况下，对应关系最好不要重复，例如Gene001与GeneA、GeneA与Gene001只需要保留一对即可，特殊情况除外。

        ** 第3/4列是对前边2个点之间的描述，2个点之间的关系可以是数量关系（上表Relation1，数值表示），也可以是逻辑关系（上表Relation2，英文表示），在实际操作中，有一种关系即可；如果只知道2个点有关系，但关系如何不明确的话，只有前2列也可得画图的（图中展示的线一致，不可调整）。

 2.其次需要点描述表（点表，配角），贴一下表格，

说明：GeneID这里表示基因的名称， GeneColor表示基因点的颜色；Character 表示基因点的性状

      点表------温馨提示：

        **点描述表主要是单个点的外观描述（俗说的高矮胖瘦黑白美丑啦。）；第1列是点的编号，这里的点包括线表里面的所有点，但没有重复！因为一个点你告诉计算机他就知道啦

        ** 关于点的描述，可以有多列，但一种类型必须放在一列内；如果你的点没有描述信息，这个表也可以没有。

好了。表格就整理完了，这两个表就像它的命名：线表是主角，这个主角可咸可甜，不可或缺；点表是配角，配角可以张的很好看，但也可以没有呀。。。一出好戏，当然是主角有料、配角也不弱才好。

所以，合理的表格配置是画好网络图的关键！

** 注意： cytoscape导入的表格不能是xls格式,如果你的表格是xls格式，可以在文件夹下边将后缀.xls改成.txt，然后就可以导入了。（点表线表都要改）

第三，先把点与点之间关系表（线表）格导入cytoscape：

在上边弹出的对话框内，选中线表，将线表中的列按如下设置

然后点击OK，生成初步的网络图：

接下来，大家就可以对它进行美化了，我们之前在表格里面设置的描述性的信息，都可以派上用场了。

第四，把点表格作为Table导入，设置各个点的属性：

** 注意线表和点表之间导入位置的区别

在上边弹出的对话框内，选中点表

框起来的部分是需要选择的，根据你需要，选择只对当前正在操作的网络进行设置，或者针对全部网络进行设置（因为cytoscape可以同时打开几个网络图）。如果你不确定，就选当前操作的**only 咯。

** 点表输入后，网络图不会发生变化，因为还需要你告诉计算机配角啥时候啥情景才能出场。预知如何美化，请继续往下划。。。

第五，设置点和线的展示方式：

点击“style”，出现可以设置点、线的界面：

咱们首先来设置点的颜色，设置操作界面入下：

颜色设置界面

点击1；

在2的位置，下拉选中点表里边描述点颜色的表头（我这里设置的是GeneColor）;

在3的位置选“Discrete Mapping“，在4的位置会自动显示你设置的颜色类别；

4位置的每一行都可以被定义，双击颜色类别的后边一格，会自动弹出两个按钮，单击前边的小按钮则自动弹出色盘，选中颜色后点确认，颜色会自动填充到点内，如果选择的颜色不合适，可单击后边删除小按钮进行清除；之后再重复上边选颜色步骤进行选择。

来看看填完颜色的网络图：

下面，对点的性状进行设置：

点击1；

在2的位置，下拉选中点表里边描述点形状的表头（我这里设置的是Character）;

在3的位置选“Discrete Mapping“，在4的位置会自动显示你设置的形状类别；

在4位置的每一行后边单击，会自动弹出形状选择对话框，选中形状后点Apply确认，形状会自动填充到点内，如果选择的形状不合适，可最后边的删除小按钮进行清除；之后再重复上边的步骤进行性状选择。

来看看填完颜色和性状的网络图：

现在来设置线的粗细进行设置，设置操作界面入下：

1.点击“style”；2.点击设置线的界面；3.点击线宽设置

在4的位置，下拉选中点表里边描述点点关系的表头（我这里设置的是Relation1）;

在5的位置选“Continuous Mapping“（渐变，有数值时用），在6的位置会自动显示线宽渐变界面；

双击6的渐变面积区，会自动弹出线宽渐变设置界面，计算机会匹配到线表里边该列的最大值和最小值，可通过上下移动滑动图标控制线宽，也可双击滑动图标，弹出输入值对话框，输入数值后选确定，之后点击OK健设置。

来看看填完点的颜色性状线的粗细后的网络图：

这样的图看起来也还可以，但是如果想要把图形风格进行调整，弄得跟开篇的图一样的，可以通过Layout选项卡进行改变。

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