单细胞转录组基础分析(1)：分析环境搭建
2020-10-03 本文已影响0人
caoqiansheng
以下内容部分引用自
硬件配置
10X Genomics单细胞数据分析对电脑硬件配置要求比较高。上游分析软件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。下游分析使用R语言Seurat包时，10000个细胞的表达矩阵，8G内存的电脑就不能应付了。因此没有服务器的同学不用考虑上游分析，仅做下游分析最低也要16G内存的电脑。
1 R及Rstudio安装
安装过程参考我的笔记：
R.002 Windows环境R语言安装及镜像设置
2 R基础学习
3 R包配置
# 安装基础包
install.packages("devtools", dependencies=T)
install.packages("BiocManager", dependencies=T)
install.packages("tidyverse", dependencies=T)
install.packages('Seurat', dependencies=T)
# 设置国内镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/"))
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')
# 使用BiocManager安装分析包
BiocManager::install(c("SingleR","monocle", "DESeq2"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("clusterProfiler","DOSE","pheatmap"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db","org.Rn.eg.db"),ask = F,update = F)
devtools::install_github('RGLab/MAST', upgrade=F, build_vignettes = T)
