生信log8|Biostar踩坑(MacOS)|sra-tool

前言

兴高采烈地照着书本打算稳扎稳打过一遍zika RNA-seq这一篇分析，结果一上来就频频报错。

平台： MacOS

# sra-tools=2.11.0
prefetch --type fastq SRR11180057
srapath SRR6848166
fastq-dump --split-files SRR6848166

上面三条命令都出现了下面这样的报错

An error occured: std::exception
If this continues to happen, please contact the SRA Toolkit at https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

图一

网上查了好久无果，后面看到一条帖子说是升到最新版本就没事了，但问题是电脑装的就是最新版本

看来是版本的问题那就降个版本

conda install -y -c bioconda sra-tools=2.9.1

果然可以用了

在跑了

另附sratoolkit MacOS平台安装方法

homebrew

brew install sratoolkit

anaconda

conda install -y -c bioconda sra-tools